Наверное все таки проблема с Framework Net версия 4.6.1
судя по скрину - проблема все же больше с VSTO. Именно файл VSTO не получается запустить. Возможно, конечно, что и фреймворк просто не поддерживает установленную версию VSTO. Здесь однозначно сложно сказать, там может влиять множество факторов.
Сравнивая по столбцу А, где уникальные номера, обновляя уже существующие записи и добавляя новые
Нет, никаких проверок в данной команде не предусмотрено. Происходит просто сбор данных в новый или существующий лист и при этом возможно суммирование по критериям(значениям столбцов). Никаких сверок с ранее записанными данными на результирующем листе не происходит.